網(wǎng)站的物理結(jié)構(gòu)是指網(wǎng)站目錄的結(jié)構(gòu)和所包含文件的真實位置。物理結(jié)構(gòu)一般包括兩種不同的形式：扁平物理結(jié)構(gòu)和樹狀物理結(jié)構(gòu)。

對于一個小型網(wǎng)站，所有頁面都存儲在網(wǎng)站的根目錄中，這是一個平面的物理結(jié)構(gòu)。具有扁平物理結(jié)構(gòu)的網(wǎng)站。

這種扁平的物理結(jié)構(gòu)非常適合搜索引擎，因為所有頁面都可以在一次訪問中遍歷。但是，如果有太多的web頁面和太多的web文件放在根目錄中，那么查找和維護它們是相當麻煩的。因此，扁平的物理結(jié)構(gòu)一般適用于只有幾頁的小型和微型站點。

對于大型網(wǎng)站，通常需要兩到三級或更多的子目錄才能保證網(wǎng)頁的正常存儲。這個多級目錄也稱為樹物理結(jié)構(gòu)：即根目錄被細分為多個通道或目錄，然后屬于這個目錄的終內(nèi)容頁存儲在每個目錄下。

使用樹型物理結(jié)構(gòu)的優(yōu)點是易于維護，但是對于搜索引擎來說，要掌握它相對比較困難。目前，互聯(lián)網(wǎng)上的網(wǎng)站內(nèi)容普遍豐富，大多采用樹型物理結(jié)構(gòu)。

與網(wǎng)站的物理結(jié)構(gòu)不同，網(wǎng)站的邏輯結(jié)構(gòu)也成為鏈接結(jié)構(gòu)，主要是指網(wǎng)頁內(nèi)部鏈接形成的邏輯結(jié)構(gòu)，即鏈接結(jié)構(gòu)。邏輯結(jié)構(gòu)和物理結(jié)構(gòu)的區(qū)別在于，邏輯結(jié)構(gòu)是由網(wǎng)頁的互連決定的，而物理結(jié)構(gòu)是由網(wǎng)頁的物理存儲地址決定的。

在網(wǎng)站的邏輯結(jié)構(gòu)中，“鏈接深度”通常用來描述頁面之間的邏輯關(guān)系“鏈接深度”是指從源頁面到目標頁面的路徑數(shù)。例如，如果網(wǎng)站的a頁中有指向目標頁B的鏈接，則從a頁到B頁的鏈接深度為1。

-扁平邏輯結(jié)構(gòu)：一個扁平邏輯結(jié)構(gòu)的網(wǎng)站，實際上網(wǎng)站中的任何兩個頁面都可以相互連接，也就是說，網(wǎng)站中的任何一個頁面都包含指向所有其他頁面的鏈接，頁面之間的鏈接深度為1。目前，單純采用扁平邏輯結(jié)構(gòu)作為全站儀結(jié)構(gòu)的網(wǎng)站很少。